セボイム文明時代に最盛期を迎えていたテクノロジー。現代ではカレルレンとメルキオールが研究を続けている。

　キムによって当時、遺伝子異常により短命かつ子孫繁栄が危ぶまれていた人類の危機的状況を改善する策として発表された論文に、「分子機械」という言葉がありそれがナノマシンのことを示している。

　崩壊の日以後にカレルレンが、シェバトの長老会議連とゼファーにナノマシンによる延命処置を施している。具体的なナノマシンの作用や用途は不明だが、それは500年前と変わらぬ姿を保ったまま、文字通りの不老長寿を実現させた。

　体組織の修復から、惑星改造まで幅広い用途で使われている。用途別に無数のナノマシンが存在し、複数のマシンが構成しているものもあれば、電子顕微鏡でなければ確認できないシステムもある。構成素材も、タンパク質から機械仕掛けまでと様々。

　世間一般には知られていないが建築用にはバグがあり、鍵付きの通路を作ってしまうことがある。
　艦内の環境をととのえるナノマシンは、宇宙空間を移動する時代では珍しくなく、エルザやデュランダル内でも使用している。
　医療系ナノマシンは脳神経のシナプスの人為的な操作まで行うまで発展していることがアンドリューの一件からもわかる。もっとも、強固なネットワークをもつ神経系統を完全に抑制することは不可能なようだが。

　NATARAJA。
　ダイレクトアプローチの際の接続システムで、設計者はケビン。シヴァの別名をつけた理由は不明。

　トリプルエイクラスの…と読む。使用者であっても改竄できないほど強力なものかつ、公的な条件をもつプロテクト。

　プロジェクトゾハルの最高機密であるKOS-MOSに施されているのが、このプロテクト。
　Jr.が劇中において「連邦政府のマザーフレームかU.M.N.のオペレーションシステムぐらいだ」と言っていることから、KOS-MOSの重要性が垣間見える。